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運動皮質的損傷可能會導致偏癱，失去身體對側的自主運動。偏癱通常是由中部腦大動脈大出血造成的（個體會覺得頭疼，后失去意識，醒來后發現某側軀體無法運動）。偏癱患者不再有基于內部目標和期望而產生運動的靈活性（即不能自主運動），且肌肉被動地伸長使其比一般人有更強的反射反應，表現在運動中自是扭曲，即便是可以走路也與常人的姿勢相距甚遠。目前干預偏癱的技術還有待開發，一種可能是，對于損傷的皮質進行重復的TMS（經顱磁刺激）可能激發其可塑性。
此外，許多皮質損傷還可能導致不能歸結于偏癱、肌肉運動問題等的協調功能缺陷，被稱為失用癥。失用癥的診斷主要是用排除法：如果病人有協調功能的問題，但是沒有肌肉控制的缺陷即為失用癥。失用癥患者在模仿動作時顯現出很大的缺陷。而后，神經學家區分了兩種失用癥：意向運動性失用癥和觀念性失用癥。意向運動性失用癥，病人對預期動作有簡單的理解，但是不能夠執行動作，即模仿運動失敗，此類病患的腦區損傷在運動前區。觀念性失用癥患者更嚴重，不知道動作的目的（即無法理解預期動作），損傷的腦區為左側頂葉（被認為是存儲動作表征的區域）。